El litoral del Santuario, incluye trechos de urbanización densa y cuatro puertos, lo cual amenaza el mantenimiento de un ecosistema saludable. Los usos del santuario incluyen transporte, navegación por recreación, pesca, buceo (scuba), surf, investigaciones, vigilancia de ballenas, cosecha de algas marinas, acuacultura, y eliminación de perdidas (sanitarias, desechos de excavaciones, eliminación de agua para enfriar máquinas, destrucción de desperdicios industriales). Encima de esto, mas de 7000 millas cuadradas de cuencas inmediatamente contiguas al santuario desaguan en las tierras húmedos y aguas marinas.
Además de sus obligaciones, protegiendo, investigando y educando, MBNMS esta obligado a facilitar usos múltiples en el santuario que deben de ser consistentes con la meta de la protección de recursos. La protección de todo el ecosistema mientras facilitan los usos múltiples necesita la participación conjunta del program del santuario, las agencias de manejo de recursos, científicos, negocios, instructores, comunidades locales y del publico. Los problemas de manejo de recursos dentro de la región se describen en la lista siguiente a la izquierda, con los problemas que el santuario esta involucrado actualmente.

Mas información está disponible para los siguientes asuntos del manejo de los recursos:

• Asuntos de la Agricultura
• Clausuras de Playa
• Pesca
• Perdidas Urbanas
• Calidad de Agua
• Perturbación de la Fauna